La dynamique qui permet le passage des virus des chauves-souris aux animaux de ferme ou aux humains reste largement inconnue. Les chauves-souris sont reconnues comme des réservoirs naturels de divers coronavirus : à partir de certains de ces « hôtes invisibles », des espèces virales dangereuses pour l'homme et les animaux domestiques peuvent avoir évolué, comme le Sars-CoV-2 ou le virus de la diarrhée épidémique chez le porc. Aujourd’hui, une étude examine les risques de transmission du virus des chauves-souris aux porcs, en utilisant comme étude de cas les coronavirus dans certaines fermes du nord de l’Italie.
La recherche
Les travaux, publiés dans la revue « Plos One », sont signés par des chercheurs du Laboratoire des Zoonoses Virales Émergentes de l'Institut Zooprophylactique Expérimental de Venise (Izsve) et ont été réalisés dans le cadre du projet européen « ConVErgence » avec la collaboration de l'Université La Sapienza de Rome, de l'Université de Padoue, de l'Université de Bari, de l'Université du Sussex (Royaume-Uni) et de Coop. Sterne de Forlì. « L'interface entre les animaux sauvages, les animaux domestiques et les humains représente une frontière très labile où peuvent émerger des maladies infectieuses de nature épidémique – explique Stefania Leopardi, vétérinaire directrice et directrice de recherche – Nous savons que les élevages porcins représentent de possibles 'hotspots' pour la propagation et l'apparition de variantes recombinantes potentiellement dangereuses pour les animaux ou les humains. C'est pourquoi l'identification du nouveau coronavirus est essentielle pour évaluer leur adaptation chez le porc et chez l'homme, mais il est tout aussi important d'essayer de comprendre les facteurs de risque qui peuvent favoriser les phénomènes de débordement chez les espèces animales ».
Une approche multidisciplinaire inspirée du paradigme « One Health » a été utilisée pour la recherche, dans laquelle les investigations écologiques, la modélisation environnementale et la virologie moléculaire ont été combinées. Une première phase concernait la surveillance bioacoustique dans 14 élevages porcins de la région de Triveneto. Grâce à cette opération, 8 espèces de chauves-souris ont été identifiées dans les élevages, P. kuhlii, P. pipistrellus et H. savii étant les plus répandues et actives. L'analyse du paysage et des structures des entreprises a permis d'identifier les facteurs qui influencent le plus l'activité des chauves-souris. Il s’avère que les fermes dotées de structures capables d’attirer les insectes connaissent une activité intense des chauves-souris, tandis que l’habitat environnant a moins d’impact sur la richesse spécifique. En parallèle, des investigations virologiques ont permis d'identifier trois nouvelles espèces de coronavirus, détectées chez P. kuhlii et H. savii, dont il a été possible d'obtenir un séquençage complet du génome. L'analyse combinée des échantillons collectés sur trois colonies de P. kuhli et des échantillons d'archives provenant des activités de surveillance de la rage dans les populations d'animaux sauvages, menée au fil des années par le Laboratoire, est fondamentale pour cette phase, expliquent les experts.
Parmi les espèces de chauves-souris les plus courantes, une circulation active des CoV chez P. kuhlii a été observée, même dans les colonies situées au sein des élevages porcins, avec l’identification de deux espèces distinctes de coronavirus chez ces chauves-souris. Les CoV ont été détectés tout au long de la saison d’activité des chauves-souris, avec des pics en mai et août, et semblent dans certains cas partagés entre différentes espèces de chauves-souris (P. kuhlii et H. savii), augmentant encore le risque de recombinaison génétique. Les analyses phylogénétiques montrent également que les porcs pourraient être exposés à au moins huit espèces distinctes de CoV, puisque les CoV sont spécifiquement associés à leur hôte.
Les conclusions
D'une part, analysent les auteurs, l'étude met en évidence comment les élevages porcins peuvent représenter des oasis pour la conservation des chauves-souris dans des milieux ruraux d'agriculture intensive, où la monotonie des éléments environnementaux assèche la biodiversité. Dans ces environnements, les chauves-souris peuvent rendre un service écosystémique en contrôlant les insectes nuisibles, contribuant ainsi à la réduction des pesticides. Cependant, préviennent-ils, les déplacements des chauves-souris sont également associés au risque potentiel d’exposition aux virus dont elles sont porteuses.
Un aspect mis en évidence par l’étude est l’absence fréquente de barrières physiques dans les fermes, mises en place pour empêcher le contact entre les chauves-souris et les porcheries, et une application inégale des pratiques de biosécurité. Le renforcement de ces mesures, concluent les experts, pourrait atténuer le risque d’exposition à divers coronavirus, et plus généralement aux virus associés à la faune sauvage, améliorant ainsi la coexistence entre les humains et les animaux domestiques et sauvages.
