Épidémies de salmonelles rares en Europe, l’hypothèse de la tomate cerise se renforce

Épidémies de salmonelles rares en Europe, l’hypothèse de la tomate cerise se renforce

C'est au début de l'automne 2011 qu'un sérotype rare de Salmonella a été intercepté pour la première fois en Europe : Salmonella Strathcona. Jusqu’alors, la bactérie en question n’avait été documentée que trois fois dans le monde. Cette année-là, plusieurs pays européens ont commencé à signaler des infections, notamment le Danemark. A l'époque, les premières investigations menées sur l'épidémie mettaient en lumière une source probable des cas : les tomates cerises siciliennes. Depuis, les notifications de S. Strathcona en Europe se sont poursuivies. La bactérie a montré des signes de sa présence de manière cyclique, avec des épidémies saisonnières récurrentes, généralement de l'été au début de l'année suivante. De nouvelles infections ont également été détectées en 2025 et une évaluation rapide est également en cours pour cette dernière épidémie. Entre-temps, une étude publiée récemment dans la revue Eurosuveillance reconstitue toute l'histoire, en analysant l'épidémiologie des cas entre 2011 et 2024 et en explorant la corrélation génomique des sous-espèces détectées pour identifier avec plus de certitude le véhicule alimentaire possible des récentes épidémies.

Au cours de la période considérée dans l'étude, les auteurs ont identifié 662 infections à Salmonella Strathcona dans 17 pays de la zone : 469 cas confirmés, 161 probables, 13 possibles et 19 non épidémiques. En considérant uniquement les 643 cas épidémiques, expliquent les experts, près de la moitié (306) ont été signalés lors d'une épidémie entre 2023 et 2024. Compte tenu des diverses épidémies survenues au fil des ans, l'Allemagne a notifié le plus grand nombre de cas épidémiques (229 ; 36 %), suivie par le Danemark (93) et l'Autriche (77). En 2025, 29 autres cas ont été signalés au cours de l’année écoulée jusqu’au début du mois de septembre.

Les auteurs notent que tous les pays qui ont observé des infections à S. Strathcona depuis 2011 n'ont pas participé à l'enquête collaborative menée pour l'étude, et puisque l'identification des cas reposait en grande partie sur la déclaration obligatoire, l'hypothèse des auteurs est que le nombre réel d'infections est susceptible d'être « considérablement plus élevé ». Au-delà de cela, les analyses contenues dans l’étude semblent indiquer une source et un véhicule alimentaire communs, à savoir les tomates. Cela semble être suggéré par l'ADN. Le séquençage du génome entier des isolats au cours de la période d’étude a en effet montré que presque tous (95 %) étaient fortement liés génétiquement au fil du temps et entre différents pays, un constat compatible avec l’idée d’une source commune.

La recherche a impliqué de nombreux centres en Europe, de l'Autriche au Danemark, de l'Allemagne au Royaume-Uni, de la Finlande à la Croatie, ainsi que des organismes de l'UE, de l'ECDC (Centre européen de prévention et de contrôle des maladies) à l'EFSA (l'Autorité européenne de sécurité alimentaire de base basée à Parme en Italie). Et les auteurs, Vivien Brait et ses collègues, « trouvent probable que les tomates aient été le véhicule pendant la plupart, sinon la totalité, des années ». Outre les indices issus de l'enquête sur la première épidémie européenne de Strathcona Salmonella, des épidémies antérieures de salmonelles, par exemple en Suède, en Finlande et aux États-Unis, avaient également montré que les tomates fraîches pouvaient être un véhicule alimentaire, expliquent les experts. Cela peut être lié à la consommation de tomates crues ou au fait que des agents pathogènes peuvent être présents dans les tissus végétaux, ce qui – expliquent les auteurs – peut signifier que « le lavage des tomates pourrait ne pas être une mesure préventive efficace contre la salmonellose ».

Selon Brait et ses collègues, les investigations menées dans le cadre de cette étude « suggèrent la présence d'épidémies récurrentes en Europe depuis 2011, avec une tendance saisonnière des cas de S. Strathcona, liés aux tomates cerises provenant d'une source commune ». Au-delà de l'histoire en question, soulignent-ils enfin, cette histoire confirme également l'importance de dépasser les frontières des différents pays et d'échanger des informations en équipe, dans un monde où même les chaînes d'approvisionnement alimentaire, et d'autre part les épidémies, sont désormais « mondialisées ». « L'enquête – concluent les auteurs – illustre la valeur ajoutée, mais aussi la nécessité de vastes enquêtes collaboratives transfrontalières et intersectorielles, idéalement soutenues par l'ECDC et l'EFSA pour faire face aux épidémies complexes d'origine alimentaire ».