Au cours de l’été 1812, l’empereur français Napoléon Bonaparte mena plus d’un demi-million de soldats pour envahir l’Empire russe. En décembre déjà, seule une petite partie de cette Grande Armée était encore en vie et la campagne de Russie s'est terminée par une défaite dévastatrice qui a porté un coup sérieux aux ambitions de Napoléon. Des documents historiques racontent que la faim, le froid et le typhus ont épuisé les hommes de Bonaparte, les obligeant à battre en retraite. Aujourd’hui, plus de deux siècles plus tard, la science est en train de réécrire ce morceau d’histoire. Une étude de l'Institut Pasteur – parue en juillet dans une version préimprimée sur 'bioRxiv' et publiée aujourd'hui dans 'Current Biology' – analysant l'ADN isolé et extrait des dents de 13 soldats de l'armée française a découvert qu'il y avait 2 alliés insoupçonnés combattant aux côtés de l'ennemi : la fièvre paratyphoïde et la bactérie de la fièvre récurrente.
Des chercheurs de l'unité de paléogénomique microbienne de l'Institut Pasteur, en collaboration avec le Laboratoire d'anthropologie bioculturelle de l'Université d'Aix-Marseille, ont mené leurs investigations sur des restes exhumés en 2002 d'un charnier à Vilnius (Lituanie), sur le chemin de la retraite de l'armée de Napoléon. Les scientifiques ont utilisé des techniques de séquençage de nouvelle génération appliquées à l'ADN ancien pour détecter des agents infectieux potentiels dans le génome obtenu à partir des dents des soldats. Pour y parvenir, ils ont collaboré avec des collègues de l’Université de Tartu (Estonie) en développant une méthode qui leur a permis d’identifier avec précision tous les micro-organismes même si leur ADN n’offrait qu’une faible couverture, indiquant même dans certains cas une lignée spécifique. Ils ont ainsi retrouvé les « signatures génétiques » de 2 bactéries : Salmonella enterica sous-espèce enterica (sérotype Paratyphi C), responsable de la fièvre paratyphoïde, et Borrelia recurrentis, responsable d'une maladie transmise par les poux et caractérisée par une fièvre récurrente, avec des crises suivies de périodes de rémission. Les deux affections peuvent provoquer des symptômes tels qu’une forte fièvre, de la fatigue et des problèmes digestifs. « Leur présence simultanée – estiment les auteurs – pourrait avoir contribué à la détérioration des conditions des soldats », dont les corps étaient déjà « fragilisés par le froid, la faim et le manque d'hygiène ».
Sur les 13 soldats napoléoniens exhumés à Vilnius, les dents de 4 ont été testées positives à S. enterica Paratyphi C et celles de 2 à B. recurrentis. L'analyse étant basée sur des échantillons provenant de seulement 13 soldats (sur plus de 3 000 corps enterrés à Vilnius et environ 500 à 600 000 membres de la Grande Armée, dont 300 000 sont morts lors de la retraite), les chercheurs estiment qu'il est « impossible de déterminer dans quelle mesure ces agents pathogènes ont contribué à la très forte mortalité observée ». L'étude apporte cependant « la première preuve génétique » de la présence de ces 2 bactéries dans l'armée de Napoléon lors de la campagne de Russie. Alors que des travaux antérieurs avaient détecté des traces génétiques de l'agent du typhus, Rickettsia prowazekii, et de l'agent de la fièvre des tranchées, Bartonella quintana, dans l'armée de Bonaparte, la nouvelle étude n'a pas trouvé ces 2 micro-organismes. Une divergence des résultats probablement liée à l’utilisation de différentes techniques de séquençage, émettent l’hypothèse des scientifiques.
« L'accès aux données génomiques des agents pathogènes qui ont circulé dans les populations historiques nous aide à comprendre comment les maladies infectieuses ont évolué, se sont propagées et ont disparu au fil du temps », ainsi qu'à « identifier les contextes sociaux ou environnementaux qui ont joué un rôle dans ces développements. Ces informations nous fournissent des informations précieuses pour mieux comprendre et traiter les maladies infectieuses aujourd'hui », explique Nicolás Rascovan, chef de l'unité de paléogénomique de l'Institut Pasteur et auteur principal des travaux.
« Dans la plupart des restes humains anciens – souligne-t-il – l'ADN pathogène est extrêmement fragmenté et présent seulement en très petites quantités, ce qui rend très difficile l'obtention de génomes complets. Nous avons donc besoin de méthodes capables d'identifier de manière unique les agents infectieux à partir de ces signaux faibles, et parfois même d'identifier des lignées, pour explorer la diversité pathogène du passé.
