En 30 ans dans le monde, le nombre de victimes de « superbactéries » invulnérables aux antibiotiques est voué à presque décupler : de plus de 4,7 millions en 2021, d’ici 2050 les décès associés à la résistance aux antimicrobiens (RAM) pourraient avoir dépassé 39 millions si des interventions ne sont pas mises en place pour contrôler ou inverser une tendance en constante augmentation. Rien qu’en Europe, on estime qu’au moins 35 000 décès par an, dont environ 12 000 – 1 sur 3 – en Italie. Les coûts annuels avoisinent les 11,7 milliards d’euros entre l’UE et l’Espace économique européen, et pourraient atteindre 412 milliards de dollars au niveau mondial d’ici 2050. Les chiffres d’une « nouvelle pandémie », une urgence silencieuse qui nécessite des mesures urgentes et décisives. « Tout d’abord, certains fonds sont nécessaires, dans des délais clairs, liés à la diffusion sur tout le territoire d’outils de diagnostic modernes qui permettent de savoir rapidement quelles bactéries sont responsables d’une infection, à quels antibiotiques elles résistent et auxquelles elles répondent ». Et « nous avons besoin d’une vision One Health avec des politiques environnementales visant à freiner le réchauffement climatique et à réduire la pollution de l’air, car le changement climatique et le smog augmentent la résistance aux antimicrobiens et leur lutte la réduit ». L’appel a été lancé par Pierangelo Clerici, président de l’Amcli – Association des microbiologistes cliniques italiens.
Ancien directeur de Microbiologie de l’Uoc de l’Asst Ovest Milanese, l’expert a mis le sujet à l’honneur à Capo d’Orlando lors du congrès « L’avenir de la médecine interne : entre complexité, nouvelles technologies, intelligence artificielle et humanisation » (8-10 octobre), promu par Antonino Mazzone, ancien directeur du Département de Médecine Interne et Médicale de l’Uoc de même Legnano Asst. Aujourd’hui, l’analyse d’Adnkronos Salute, en commençant par le chapitre sur les ressources. Dans le dernier Budget, parmi les objectifs de l’enveloppe de fonds allouée au poste « prévention collective et santé publique » – pour un total de 485 millions d’euros en 2026 (paragraphes 340 et 341) – il a été fait référence au « lancement de programmes d’accès aux tests de diagnostic microbiologique rapides et multiplexes » dans la zone, un point cher à la communauté microbiologique italienne. « Ils nous ont parlé d’environ 160 millions d’euros – explique Clerici – à donner, sous réserve d’un décret d’application, aux Régions qui les mettraient à la disposition des hôpitaux et des autorités sanitaires locales pour l’acquisition d’outils de diagnostic microbiologique rapide à équiper notamment des maisons communautaires ». De l’argent qui pourtant « n’est pas arrivé, ou en tout cas n’a pas été utilisé dans le but précis indiqué au paragraphe 340 en matière de diagnostic microbiologique. On ne sait pas s’il arrivera ni quand, s’il s’étale dans le temps et sur combien d’années. Bref, aucune certitude ». D’où la première demande, en vue de la prochaine loi budgétaire : « Dans le budget en discussion, il faut reprendre ce paragraphe 340, mais cette fois en prévoyant des fonds liés aux diagnostics microbiologiques innovants, en expliquant le montant et en indiquant le calendrier du décaissement effectif », précise le numéro un de l’Amcli. Ce serait crucial, ajoute-t-il, « également à la lumière du nouveau Pncar, le plan national de lutte contre la résistance aux antibiotiques 2027-2031, qui devrait en théorie démarrer l’année prochaine, mais est encore en discussion ».
Clerici insiste sur la nécessité de doter le territoire de tests microbiologiques modernes et de promouvoir « une utilisation consciente des antibiotiques, qui fait largement défaut aujourd’hui. Je l’ai toujours dit », rappelle-t-il : « De la même manière qu’avant de prescrire un médicament pour n’importe quelle maladie, du diabète à la polyarthrite rhumatoïde, on effectue des investigations pour démontrer que le patient a réellement cette pathologie, de la même manière, avant de prescrire un antibiotique, il faut comprendre si l’infection est véritablement bactérienne, quel est l’agent pathogène qui la provoque, quels médicaments elle répond et à ceux auxquels il résiste. Aujourd’hui, en règle générale, tout cela n’arrive pas », observe l’expert. « Il arrive plutôt que, par exemple, en cas de suspicion de pharyngite, l’antibiotique soit prescrit sans même effectuer un prélèvement de gorge. Au lieu de cela – sauf en cas d’urgence, car il est évident que si l’on soupçonne une méningite active, l’antibiotique doit être administré immédiatement – il serait essentiel, même localement, de pouvoir réaliser une enquête microbiologique permettant de cibler la thérapie, en évitant les traitements inutiles. Nous disposons d’instruments Poct (Point-of-Care Testing) qui en 45 minutes, un Une heure, une heure et demie maximum, sur la base d’un simple échantillon microbiologique, ils nous disent tout : de quel micro-organisme il s’agit, quels antibiotiques peuvent être administrés et lesquels ne peuvent pas être administrés. Nous avons donc besoin d’argent pour investir dans ce domaine, ce qui ne signifie pas les donner aux pharmacies », tient à souligner Clerici : « Ils seraient donnés à des maisons communautaires ou à des cliniques décentralisées, et tout – de l’achat à la formation, du contrôle de qualité à l’évaluation des résultats – serait contrôlé par l’autorité sanitaire locale à travers le laboratoire de microbiologie hospitalière ». En mettant ce modèle sur le terrain, Amcli en est convaincu, « nous réduirions certainement la résistance aux antimicrobiens qui circule ».
Pour tenter de gagner la guerre contre les superbactéries, les microbiologistes font donc appel à certaines ressources. Mais pas seulement. Il est également nécessaire d’avoir une vision à long terme du problème, qui doit être examinée à travers le prisme de l’approche One Health. « Ce que nous combattons depuis des années – à juste titre, et nous devons encore lutter – à savoir la transmission des micro-organismes d’homme à homme ou d’animal à homme, nous devons aujourd’hui absolument le voir sous un angle complètement différent », prévient Clerici : « Une perspective One Health, donc aussi environnementale. Parce que maintenant la pression sélective sur la résistance est exercée par l’environnement, que nous considérions jusqu’à récemment comme une hypothèse, sinon absurde, du moins lointaine ». Concrètement, « il est essentiel de lutter sérieusement contre le changement climatique et la pollution » : des menaces qui évoluent en parallèle, les deux faces d’une même médaille, qui s’influencent mutuellement et alimentent toutes deux la résistance des bactéries aux antibiotiques.
« Comme on le sait – explique le président d’Amcli – le changement climatique affecte avant tout l’augmentation des températures. Considérant qu’au cours des 10 dernières années la température globale a augmenté jusqu’à dépasser le seuil critique de +1,5°C par rapport à la période préindustrielle, et qu’il existe des études selon lesquelles chaque augmentation de 1°C provoque une augmentation d’environ 4% de la résistance de certaines bactéries, cela signifie que globalement en une décennie nous avons augmenté la résistance bactérienne de 6%. Ce qui se passe alors, c’est que le réchauffement climatique entraîne la désertification, c’est-à-dire la réduction de l’eau présente à la surface de la Terre. Eh bien, un ouvrage publié cette année dans « Nature Microbiology » décrit bien l’impact du phénomène sur la résistance aux antimicrobiens : l’eau diminue en se concentrant dans de petits espaces, de petites collections dans lesquelles les bactéries prolifèrent dans un environnement riche en antibiotiques naturels produits par le sol, devenant ainsi déjà résistantes » en raison de cette exposition massive.
C’est également un problème pour la recherche pharmacologique, souligne l’expert : « Le paradigme positif selon lequel, historiquement, les antibiotiques étaient obtenus à partir de micro-organismes du sol n’est plus valable », selon lequel les germes libèrent des substances antibiotiques comme une arme pour rivaliser avec les microbes concurrents. « Le micro-organisme a été collecté, l’antibiotique a été extrait et donné aux malades pour guérir. Si nous faisions la même chose aujourd’hui, nous collecterions des bactéries déjà résistantes dès le départ », avec le risque d’accélérer et de propager la résistance aux antimicrobiens. « Cela signifie également que la possibilité de disposer de nouveaux antibiotiques pour lutter contre les infections émergentes est perdue. » C’est pourquoi, pour contenir l’urgence de la RAM, « il faut intervenir en réduisant les émissions de gaz à effet de serre qui augmentent les températures. Et il faut aussi agir sur la pollution » car « un flot de gènes de résistance aux antibiotiques » se déplace dans le smog, transporté par de fines particules.
Clerici cite une étude parue en 2023 dans « The Lancet Planetary Health », la première analyse décrivant l’association entre les particules fines et la résistance aux antimicrobiens à l’échelle mondiale. Pour estimer l’effet des PM2,5 sur la RAM, les auteurs ont collecté des informations sur divers prédicteurs potentiels (de la pollution atmosphérique au climat, de l’utilisation d’antibiotiques à l’assainissement et aux facteurs socio-économiques), dans 116 pays au cours de la période 2000-2018. L’ensemble de données final comprenait plus de 11,5 millions d’isolats examinés, et les données brutes sur la résistance aux antimicrobiens comprenaient 9 agents pathogènes et 43 types d’antibiotiques. « Des corrélations significatives et globalement cohérentes entre les Pm2,5 et la résistance aux antibiotiques ont été observées pour la majorité des bactéries résistantes, avec un renforcement de ces corrélations au fil du temps. » Les chercheurs ont estimé qu’en 2018, la résistance aux antibiotiques résultant des Pm2,5 a causé 480 000 décès prématurés dans le monde, effaçant 18,2 millions d’années de vie, avec une perte annuelle de bien-être économique s’élevant à 395 milliards de dollars. Les scientifiques ont également projeté les tendances mondiales globales de la résistance aux antimicrobiens et de la mortalité prématurée attribuable aux PM2,5 jusqu’en 2050, en considérant plusieurs scénarios. Et ils ont calculé qu’atteindre l’objectif d’une concentration de PM2,5 de 5 microgrammes/mètre cube d’ici 2050, fixé par l’Organisation mondiale de la santé, réduirait la résistance aux antibiotiques de 16,8 % et éviterait 23,4 % des décès prématurés imputables à la RAM, avec une économie économique de 640 milliards de dollars.
Des résultats encore plus dramatiques, commente le microbiologiste, estimant qu’« à ce jour il n’y a pas une telle réduction des particules, en fait paradoxalement il semble y avoir une augmentation et cela contribue également à l’aggravation de la résistance aux antimicrobiens. Tout cela est un processus One Health lié », résume Clerici : « L’augmentation des températures augmente la concentration de particules, donc de gènes de résistance et de micro-organismes résistants » ; En outre, un cercle vicieux s’enclenche, car bon nombre des activités humaines qui génèrent du smog et des poussières fines libèrent également de grandes quantités de gaz à effet de serre, principaux responsables du réchauffement climatique.
« Dans le Pncar qui – comme nous l’espérons – devrait être licencié prochainement, ce sujet est abordé. Cependant, le problème n’est pas de le traiter dans un sens scientifique, mais de le traduire ensuite en actions », prévient le sommet de l’Amcli. « Nous avons besoin de volonté politique, car sans cette volonté, nous pouvons en parler sans cesse, mais rien ne changera jamais. Malheureusement, même au niveau international, ces sujets semblent négligés, alors qu’en réalité la dimension du problème est véritablement internationale. La question devrait être abordée à 360 degrés par l’intermédiaire de l’OMS, qui est cependant en grande difficulté, mais si l’OMS est financée et affaiblie, le système s’effondrera. Il faut comprendre que la pollution, étant aéroportée, ne trouve aucune barrière. Que le réchauffement est global. Et qu’il n’y a pas de frontières pour micro-organismes : qu’il s’agisse de virus ou de bactéries, ils n’ont pas de frontières, comme nous avons dû l’apprendre avec le Covid, si nous ne comprenons pas enfin tout cela – commente Clerici – alors nous avons déjà perdu la bataille ».
